Umeå University 
Umeå, Sweden Sprachhinweis
Diese Stelle scheint auf Swedish ausgeschrieben zu sein. Da das Angebot in einer Landessprache verfasst ist, prüfen Sie die offizielle Ausschreibung bitte sorgfältig daraufhin, ob Swedish-Kenntnisse für diese Stelle erwartet werden.
Angebotszusammenfassung
Umeå University seeks a Research Engineer for Clinical Genomics Umeå, part of the Science for Life Laboratory infrastructure. This full-time, permanent position focuses on applying bioinformatics to preclinical and clinical research questions, primarily in cancer and hereditary diseases. Key responsibilities include analyzing large-scale sequencing datasets (NGS or long-read), developing bioinformatics workflows, creating tools, and ensuring data quality. The role requires a degree in bioinformatics, biotechnology, or related fields, with documented experience in large dataset analysis. Essential skills include strong Python programming, Linux environment proficiency, Git version control, and experience with Snakemake, Nextflow, and Slurm. Additional desirable qualifications involve system administration, container platforms like Docker, and knowledge of R, Rust, or Go. Candidates must demonstrate creativity, initiative, and flexibility. Good command of Swedish and English is required. Applications should be submitted via the Varbi e-recruitment system by November 26, 2004.
Erstellt aus gespeicherten Angebotsinhalten. Prüfen Sie die Details immer in der offiziellen Ausschreibung.
Projektbeschreibung
Forskningsingenjör till Clinical Genomics Umeå
Institutionen för medicinsk biovetenskap tillhör medicinska fakulteten vid Umeå universitet medbio.umu.se och bedriver forskning och undervisning inom ämnena Klinisk kemi, Medicinsk och klinisk genetik samt Patologi. Institutionen har ca 90 anställda.
Vi utlyser en anställning som forskningsingenjör till Umeånoden inom Clinical Genomics, som är en forskningsinfrastruktur och en plattform inom Science for Life Laboratory. Clinical Genomics Umeå ger service och stöd till translationell forskning och bedriver utvecklingsarbete för nya metoder inom precisionsmedicin. Arbetet sker i tätt samarbete med Genomic Medicine Sweden/Genomic Medicine Center Norr och avdelningarna för klinisk mikrobiologi, klinisk genetik samt klinisk patologi inom Region Västerbotten.
Anställningen är placerad i ”laboratoriehuset” i byggnad 6M, med direkt kontakt med sjukhuset, medicinska biblioteket och tandläkarhögskolan.
Arbetsuppgifter
Vi söker dig som vill applicera bioinformatiska färdigheter på prekliniska och kliniska forskningsfrågor. Arbetet innebär analys av storskaliga sekvensdataset (next-generation sequencing (NGS) eller long read) och andra molekylärgenetiska data för identifiering av genetisk variation samt analys av genexpression. Huvudsakliga arbetsuppgifter kommer att vara att skapa, utveckla och kvalitetssäkra bioinformatiska flöden, utveckla bioinformatiska verktyg, analysera olika typer av rådata och fungera som en kompetensresurs. Du kommer att arbeta både med forsknings- och utvecklingsprojekt. Ämnesområdena är till stor del cancer och ärftliga sjukdomar.
Kvalifikationer
Examen på grund- eller avancerad nivå inom bioinformatik, bioteknik eller annan motsvarande utbildning relevant för anställningen. Dokumenterad erfarenhet av analys av storskaliga dataset, inklusive NGS-data. Goda programmeringskunskaper i Python och stor erfarenhet av att arbeta i Linuxmiljö. Vana att använda versionshanteringssystem, t.ex. Git. Erfarenhet av att använda analyshanteringsverktyg som Snakemake och Nextflow samt arbetsbelastningshanterare som Slurm.
Övriga önskvärda kvalifikationer
Vana av systemadministration. Erfarenhet av containerplattformar, t.ex Docker eller Apptainer. Programmeringskunskaper i R, Rust eller Go. Förståelse för och erfarenhet av att hantera säkerhetsaspekter som rör persondata och genetisk information.
Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet. Du skall vara kreativ, kunna ta egna initiativ och ta dig an varierande arbetsuppgifter på ett flexibelt och effektivt sätt samt ha förmågan att egenhändigt driva utvecklingsprojekt. Du bör ha goda kunskaper i tal och skrift på svenska och engelska.
Villkor
Anställningen är tills vidare och avser heltid. Tillträde snarast möjligt eller efter överenskommelse.
Ansökningsförfarande
Ansökan ska innehålla
Ett personligt brev som beskriver dina kvalifikationer och kompetensområden samt varför du är intresserad av anställningen.
Ett CV/meritförteckning inkluderande datum för examen.
· Kopior av betyg, examensbevis samt eventuella övriga meriter som sökanden vill åberopa.
· Namn och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner.
Upplysningar
Närmare upplysningar lämnas av Linda Köhn, Head of Unit, Clinical Genomics Umeå, tel: +46703176915, e-post: linda.kohn@umu.se
Ansökan, skriven på svenska eller engelska och i word- eller pdf-format, skall göras via e-rekryteringssystemet Varbi och vara inkommen senast 261104.
